نظام های بودجه ریزی مبتنی بر شاخص های کیفیت همچون بودجه ریزی عملیاتی، نظام هایی هستند که درصدد جایگزینی حسابرسی عملکرد به جای حسابرسی رعایت هستند. به عبارت دیگر در این نوع بودجه ریزی منابع مالی دولت به شاخص های کیفیت اختصاص می یابد. معیار میزان دستیابی دستگاه های دولتی به نتایج یکی از الزامات حسابرسی عملکرد است. در کشور ما نیز این موضوع موردتوجه قرارگرفته بااین حال عوامل درون سازمانی و برون سازمانی بسیاری مانع از اجرای آن در دستگاه های دولتی گردیده است. تحقیق حاضر به بررسی و اولویت بندی موانع و مشکلات استقرار بودجه ریزی عملیاتی در دانشگاه های سیستان و بلوچستان و علوم پزشکی زاهدان می پردازد. در این مطالعه توصیفی داده های موردنیاز از طریق پرسش نامه توزیع شده بین متخصصان و کارشناسان امر بودجه ریزی در جامعه موردبررسی، جمع آوری شدند. داده های (ANP) و به روش تحلیل شبکه ای Super Decisions گردآوری شده به وسیله نرم افزار مورد تحلیل قرار گرفتند. نتایج نشان می دهد، مهم ترین موانع در امر بودجه ریزی عملیاتی در این دانشگاهها به ترتیب عبارت اند از: عدم کفایت آموزش فنی در خصوص بودجه بندی، عدم تغییر متناسب سیستم حسابداری و گزارشگری و عدم وجود تخصص و مهارت کافی.